Τα αμινοξέα είναι οι βασικοί δομικοί λίθοι των πρωτεϊνών. Οι πρωτεΐνες που καταναλώνουν τα κοτόπουλα πρέπει να διασπαστούν σε διάφορα αμινοξέα προτού μπορέσουν να απορροφηθούν και να χρησιμοποιηθούν από τον οργανισμό. Η έλλειψη οποιουδήποτε συγκεκριμένου αμινοξέος διαταράσσει τη σύνθεση πρωτεϊνών στον οργανισμό του κοτόπουλου, με αποτέλεσμα να παρατηρηθεί καθυστέρηση στην ανάπτυξη, απώλεια βάρους, σωματική αδυναμία, μειωμένοι ρυθμοί παραγωγής αυγών και άλλες αρνητικές επιπτώσεις που οδηγούν σε οικονομικές απώλειες.
Τα αμινοξέα που συνθέτουν τις πρωτεΐνες διακρίνονται σε δύο κύριες κατηγορίες. Η πρώτη κατηγορία περιλαμβάνει αμινοξέα που το σώμα του κοτόπουλου δεν μπορεί να συνθέσει — ή, ακόμη και αν μπορεί να τα συνθέσει, ο ρυθμός και η ποσότητα της σύνθεσης είναι ανεπαρκείς για να καλύψουν τις ανάγκες του πτηνού· αυτά πρέπει, συνεπώς, να παρέχονται μέσω της δίαιτας και ονομάζονται **απαραίτητα αμινοξέα**. Η δεύτερη κατηγορία περιλαμβάνει αμινοξέα για τα οποία η ανάγκη του οργανισμού είναι χαμηλή ή τα οποία μπορούν να συντεθούν ενδογενώς από άλλες ουσίες· αυτά δεν χρειάζεται να παρέχονται μέσω της δίαιτας και ονομάζονται **μη απαραίτητα αμινοξέα**.

Σήμερα, 13 αμινοξέα αναγνωρίζονται ως απαραίτητα για τα κοτόπουλα: αργινίνη, λυσίνη, ιστιδίνη, μεθειονίνη, κυστίνη, τρυπτοφάνη, φαινυλαλανίνη, τυροσίνη, λευκίνη, ισολευκίνη, θρεονίνη, γλυκίνη και βαλίνη. Ανάμεσα σε αυτά, η λυσίνη, η μεθειονίνη και η κυστίνη είναι τα αμινοξέα που συνήθως λαμβάνονται πρώτα υπόψη κατά τη διαμόρφωση της δίαιτας των κοτόπουλων.
Εκτός από την ταξινόμηση των απαραίτητων αμινοξέων, η έννοια των **περιοριζόντων αμινοξέων** είναι επίσης σημαντική στο πλαίσιο της ταξινόμησης των αμινοξέων. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι τα ζώα απαιτούν διάφορα αμινοξέα σε συγκεκριμένες, σταθερές αναλογίες. Ως εκ τούτου, όταν ορισμένα αμινοξέα είναι ελλειπή, το σώμα μπορεί να χρησιμοποιήσει μόνο ένα ανάλογο κλάσμα των άλλων διαθέσιμων αμινοξέων· το υπόλοιπο χάνεται. Τα αμινοξέα αυτά — τα οποία τείνουν να είναι ελλειπή και κατά συνέπεια περιορίζουν τη χρησιμοποίηση των άλλων αμινοξέων — ονομάζονται **περιοριζόντα αμινοξέα**. Στις δίαιτες που βασίζονται σε καλαμπόκι και αλεύρι σόγιας και προσφέρονται συνήθως σε κοτόπουλα, η μεθειονίνη είναι το **πρώτο περιοριζόν περιοριζόν αμινοξύ**, ενώ η λυσίνη είναι το **δεύτερο περιοριζόν αμινοξύ**· επομένως, πρέπει να δοθεί ιδιαίτερη προσοχή σε αυτά τα δύο αμινοξέα κατά τη διαμόρφωση των ζωοτροφών.