แป้งกลูเตนข้าวโพดมีคุณค่าทางโภชนาการสูง มีพลังงานที่ใช้ได้จริงและโปรตีนหยาบสูง โดยบางชนิดของแป้งกลูเตนข้าวโพดมีปริมาณโปรตีนหยาบสูงถึง 60% มีกรดอะมิโนหลากหลายชนิดอยู่อย่างอุดมสมบูรณ์ และในหมู่ธาตุรองนั้น มีธาตุเหล็กสูงเป็นพิเศษ ส่วนในหมู่วิตามินนั้นมีเบต้า-แคโรทีนสูงและอุดมไปด้วยสารให้สี ข้อควรระวังในการใช้แป้งกลูเตนข้าวโพดในอาหารไก่ไข่:
1. เนื่องจากมีขนาดอนุภาคเล็ก จึงไม่ควรใช้แป้งกลูเตนข้าวโพดในอาหารไก่ไข่เกินร้อยละ 5 โดยทั่วไป มิฉะนั้นจะส่งผลต่อปริมาณการบริโภคอาหารของไก่ไข่
2. องค์ประกอบของกรดอะมิโนในแป้งกลูเตนข้าวโพดนั้นไม่สมดุล โดยมีเมไทโอนีนและกรดกลูตามิกสูง แต่มีไลซีน อาร์จินีน และทริปโตแฟนต่ำ ดังนั้น เมื่อนำมาใช้แทนแหล่งโปรตีนอื่นๆ เช่น กากถั่วเหลืองในอาหาร จะจำเป็นต้องเสริมกรดอะมิโนจำเป็นที่ขาดหายไป
3. โปรตีนในกากข้าวโพด (corn gluten meal) ส่วนใหญ่คือไซอิน (zein) ซึ่งละลายน้ำได้ยาก ส่งผลต่อการย่อยและการดูดซึมของไก่ไข่ วิธีแก้ปัญหารวมถึงการเติมโปรตีเอส (proteases) ที่เหมาะสมเพื่อทำให้ไซอินสลายตัว หรือการหมักกากข้าวโพดด้วยจุลินทรีย์ ทั้งสองวิธีนี้สามารถปรับปรุงการย่อยและการใช้ประโยชน์จากโปรตีนได้โดยไม่ส่งผลกระทบต่อประสิทธิภาพการวางไข่ของไก่
4. แป้งกากข้าวโพดอุดมไปด้วยลูทีน โดยมีปริมาณสูงถึง 90–180 มก./กก. ซึ่งมากกว่าข้าวโพดสีเหลืองมากกว่าห้าเท่า ลูทีนสามารถดูดซึมได้อย่างมีประสิทธิภาพโดยไก่ ทำให้ผิวหนังของไก่มีสีเหลือง และทำให้สีของไข่แดงเข้มขึ้น ส่งผลให้ลดความจำเป็นในการเติมสารให้สีจากภายนอกลงในอาหารสัตว์ อย่างไรก็ตาม สารให้สีในแป้งกากข้าวโพดมีแนวโน้มถูกออกซิไดซ์และสูญเสียไปได้ง่าย ปัจจัยที่มีผลต่อการสูญเสียนี้ ได้แก่ อุณหภูมิ ฤดูกาล สภาพและระยะเวลาในการเก็บรักษา วิธีการผลิต และชนิดของข้าวโพดที่ใช้ ดังนั้น จึงจำเป็นต้องย่อระยะเวลาในการเก็บรักษา และควบคุมการเปลี่ยนแปลงของปริมาณสารให้สีระหว่างการเก็บรักษา
5. เมื่อใช้แป้งกากข้าวโพด ยังจำเป็นต้องตรวจสอบดัชนีด้านสุขอนามัย เช่น วอมิทอกซิน (vomitoxin) เซอราเลโนน (zearalenone) อะฟลาทอกซิน (aflatoxin) และสารพิษอื่นๆ เพื่อป้องกันไม่ให้ไมโคทอกซินสะสมเกินระดับที่ปลอดภัย ซึ่งอาจส่งผลเสียต่อสุขภาพของไก่
